Partner:
– CNR-ISB (Capofila), Flavia Pinzari, Giulio Testone, Noemi Proietti, Maya Lambreva, Donato Giannino
– Università degli Studi della Tuscia – Dipartimento di Scienze Agrarie e Forestali (DAFNE): Giuseppe Colla, Maria Teresa Cardarelli, Emanuela Ferri

Descrizione del Progetto: i microrganismi benefici sono sempre più utilizzati nell’agricoltura moderna con vantaggi significativi sulle produzioni e sulla sostenibilità del sistema agricolo. Tuttavia l’introduzione di specie non indigene come bioinoculi può comportare una loro diffusione non controllata ed effetti sulle specie microbiche endemiche di difficile analisi. In questo progetto si vuole mettere a punto un protocollo basato su sistemi di sequenziamento del DNA di terza generazione (Oxford Nanopore Technology, ONT) per il tracciamento, la quantificazione ed il monitoraggio nel suolo di bioinoculi ad azione benefica. Sarà usato un sequenziatore di DNA portatile MinION per valutare, con metodi metagenomici innovativi, la persistenza in suoli agrari di un fungo introdotto e gli effetti sulle comunità batteriche e fungine endemiche del suolo coltivato. Sempre per mezzo della tecnologia ONT, saranno valutati gli effetti del bioinoculo sulla espressione genica di una coltura modello (pomodoro da industria).

Finalità: MicroBI-ALIENI mira a rendere più rapida e di facile applicazione la valutazione dell’impatto dei bioinoculanti sulla biodiversità microbica e sulla funzionalità del suolo. Si vogliono inoltre fornire strumenti per l’individuazione precoce dell’interazione microrganismi-pianta e marcatori di rapida applicabilità per l’analisi degli effetti dei bioinoculi sulla qualità dei prodotti agricoli. In questo progetto ci proponiamo anche di promuovere l’innovazione nel campo dei bioinoculanti del suolo, attraverso il trasferimento di tecnologie competitive. Il progetto utilizzerà una tecnologia di sequenziamento che permette di ottenere lunghi frammenti di DNA, particolarmente idonea a rintracciare e quantificare singole specie di funghi o di altri organismi in campioni complessi.

Risultati: questo progetto ha fornito: (1) esperienza nel sequenziamento di acidi nucleici (DNA ed RNA) con la tecnologia Nanopore che permette di processare frammenti più lunghi di altre tecniche sul mercato; (2) ulteriori conoscenze e competenze nelle nuove tecniche di analisi bioinformatica connesse al sequenziamento basato su Nanopore Technology; (3) esperienza nella gestione di database metagenomici e nell’analisi tassonomica e funzionale di comunità per mezzo di dedicati protocolli bioinformatici; (4) esperienza nell’uso di strumenti e software bioinformatici per lo studio dell’interazione funghi-batteri a partire da dati di metagenomica; (5) creazione di un contesto sperimentale che potrà favorire la divulgazione di tecnologie fortemente abilitanti presso varie realtà con coinvolgimento del pubblico. Infatti, la tecnologia MinION è trasportabile, modulare e si presta a dimostrazioni in campo od in laboratori non particolarmente attrezzati.

• • Poster del progetto

• • Flyer del progetto

Sostegno finanziario ricevuto: 149.818€

Data inizio: 15/04/2021 Data fine: 31/01/2024
Tematica: Agrifood
Link: Fondi Europei, Lazio Europa
Stato: concluso